Inicialmente, todos os campeões estaduais e mais os vices dos estados mais representativos, em um total de 32 clubes, jogavam partidas eliminatórias de ida e volta. Mais tarde, o número de clubes participantes foi expandido e atualmente está em 64, com todos os 26 estados brasileiros e Distrito Federal contando com pelo menos um representante.
O campeão da Copa do Brasil se classifica para a Copa Libertadores. Desde 2001, os clubes participantes da Libertadores não disputam a Copa do Brasil no mesmo ano, devido ao conflito de datas entre as duas competições. Portanto, o campeão da Copa do Brasil nunca volta a disputá-la no ano seguinte, pois estará disputando a Libertadores.
ANO CAMPEÃO VICE ---- ---------------- ---------------- 1989 Grêmio-RS Sport-PE 1990 Flamengo-RJ Goiás-GO 1991 Criciúma-SC Grêmio-RS 1992 Internacional-RS Fluminense-RJ 1993 Cruzeiro-MG Grêmio-RS 1994 Grêmio-RS Ceará-CE 1995 Corinthians-SP Grêmio-RS 1996 Cruzeiro-MG Palmeiras-SP 1997 Grêmio-RS Flamengo-RJ 1998 Palmeiras-SP Cruzeiro-MG 1999 Juventude-RS Botafogo-RJ 2000 Cruzeiro-MG São Paulo-SP 2001 Grêmio-RS Corinthians-SP 2002 Corinthians-SP Brasiliense-DF 2003 Cruzeiro-MG Flamengo-RJ 2004 Santo André-SP Flamengo-RJ 2005 Paulista-SP Fluminense-RJ 2006 Flamengo-RJ Vasco-RJ 2007 Fluminense-RJ Figueirense-SC 2008 Sport-PE Corinthians-SP 2009 Corinthians-SP Internacional-RS
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Mauro Prais